奈叶与由诺初次相遇。平凡的小学三年级学生高町奈叶,在学校归来的途中突然听到求助声。并发现了一只受伤的雪貂,将其送往了兽医医院。当天夜里,再次听到求助声的奈叶赶到医院后,再次见到了正被巨大黑影袭击的雪貂。从“会说话的雪貂”尤诺接受了魔导器“旭日之心”,变成了魔法少女。但是她却面对黑影的挑战…
在结合自身的魔力与“旭日之心”一起将黑影击退,并将其本体“圣石之种”成功封印,并成功封印第二个“圣石之种”第21号。奈叶认识尤诺之后,对他的挫折和肩负的责任感到难望,决定志愿帮助他。“圣石之种”侵蚀小狗引起了异变,赶到现场的奈叶意外得不使用启动口令便发动了“旭日之心”,并成功封印第三个“圣石之种”第16号。
奈叶渐渐习惯了“圣石之种”的收集工作,此日深夜在学校成功封印第四个 “圣石之种”第20号。奈叶的父亲高町士郎是“翠屋”咖啡店老板兼翠屋JFC足球队教练,他的足球队的守门员少年所持有的“圣石之种”和女友一起发动,造成大规模破坏影响。 奈叶发动探索魔法,魔导器变化为射击模式后,使用了新的远距离射击魔法“天神烈破”成功封印第五个“圣石之种”第10号。